目前西藥研制體系的科學(xué)性是建立在明確的分子結(jié)構(gòu)、手性、氨基酸序列等基礎(chǔ)上的。其臨床實(shí)驗(yàn)結(jié)果難以動(dòng)搖的優(yōu)勢(shì)的基礎(chǔ)，是建立在一個(gè)確切的分子結(jié)構(gòu)或形態(tài) 與靶目標(biāo)之間明確對(duì)應(yīng)關(guān)系。而中藥現(xiàn)代化所遇到的zui大困難，是中藥藥性和中醫(yī)藥理均來(lái)源于與此**的更高層次的復(fù)雜理論體系，所謂的天、地、人、 陰陽(yáng)五行、經(jīng)絡(luò)……其復(fù)雜程度是西藥體系難以想象的，因此試圖建立中藥與靶點(diǎn)之間的直接對(duì)應(yīng)關(guān)系是一項(xiàng)極其艱苦的挑戰(zhàn)，往往中醫(yī)科學(xué)研究人員對(duì)此產(chǎn)生驚其 偉大又望山驚嘆的感覺(jué)。
    在中藥制備過(guò)程中，藥物的有效成分有無(wú)變化，藥物之間有無(wú)相互影響，各單味藥的藥理作用是相加還是相減，這些都是中醫(yī)中藥現(xiàn)代化必須要 考慮的問(wèn)題。在煎煮過(guò)程中，受溫度、時(shí)間、各藥用量、藥物的質(zhì)量、加入次序等因素的影響，各種成分的溶出或成分之間的相互作用，成分含量的增減或新復(fù)合物 的產(chǎn)生，都有可能發(fā)生。這種錯(cuò)綜復(fù)雜的多因素的影響，所造成的成分復(fù)雜性和療效不確定性，給了許多對(duì)偉大的中國(guó)文化和中醫(yī)科學(xué)性進(jìn)行無(wú)端的攻擊的理由。
    傳統(tǒng)中藥多為復(fù)方藥劑，從其理論來(lái)說(shuō)，是所有成分對(duì)人體產(chǎn)生整體作用，以經(jīng)絡(luò)、陰陽(yáng)調(diào)和來(lái)改變機(jī)體狀況，達(dá)到其療效。對(duì)于這種復(fù)雜的協(xié) 同作用和各種成分產(chǎn)生的因人而異的有效生理作用，我們會(huì)在建立簡(jiǎn)單的成分藥性藥效的確定性關(guān)系上存在巨大的困難，但作為中醫(yī)科學(xué)的研究人員依然仍不能放棄 中藥體系實(shí)證科學(xué)的臨床研究的努力。現(xiàn)代藥物萃取手段，分析手段和強(qiáng)大的計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)處理能力，為中藥現(xiàn)代化奠定了必要基礎(chǔ)。國(guó)家相關(guān)管理部門(mén)，在資金投入 和項(xiàng)目監(jiān)管上，應(yīng)建立協(xié)同工作系統(tǒng)計(jì)劃，有一具體的中藥現(xiàn)代化整體工作管理目標(biāo)。